Las Comisiones Permanentes son las establecidas como tales en el Estatuto o por el Reglamento de la Asociación. Actualmente, la normativa establece a las siguientes:
- Comisión de Educación
- Comisión de Inclusión y Derechos; Observatorio Guía Scout
- Comisión de Salud
- Comisión de Transparencia
- Comisión de Comunicaciones
- Comisiones Nacionales de Rama: Golondrinas – Lobatos – Guías – Scouts – Pioneras y Pioneros – Caminantes
- Comisiones Nacionales de Formación Religiosa: Pastoral Católica
- Comisión Revisora de Cuentas Nacional
Las funciones de cada una de ellas puede encontrarse en el Estatuto y Reglamento.